Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i., provádí výzkum v široké oblasti jaderné fyziky, jak experimentální tak teoretické. Experimentálně jsou studovány zejména vlastnosti jaderné hmoty ve srážkách těžkých iontů při středních a vysokých energiích, jaderné reakce významné pro astrofyziku nebo jadernou energetiku, rozpady beta atomových jader včetně problému hmotnosti neutrin. Teorie jader je zaměřena na jadernou strukturu, hyperjádra, interakce elementárních částic s jádry, mezonové stupně volnosti v jádrech. Jsou studovány vybrané problémy teoretické subjaderné fyziky a matematické fyziky. Rozptyl neutronů je převážně užíván ve fyzice pevných látek a materiálovém výzkumu. Široký komplex jaderných analytických metod užívajících svazky nabitých částic i neutronů je využíván v interdisciplinárním výzkumu prováděném ve spolupráci s externími odborníky v chemii, ekologii, lékařství, archeologii atd. Dozimetrie ionizujícího záření je orientována na měření ekologických a profesionálních expozic, metrologii a biofyzikální aspekty jako je poškození DNK zářením.V ústavu probíhá výzkum a vývoj radiofarmak, zejména krátce žijících pozitronových zářičů pro emisní pozitronovou tomografii (PET). Studuje se fyzika perspektivních metod jaderné energetiky, např. urychlovačem řízené transmutace jaderného odpadu.